早上起来腹部两边隐隐作痛，可能是由于多种原因导致的，主要原因为胸腔积液、慢性肾炎、结肠炎等。治疗需根据原因而定，具体如下：

1、胸腔积液：胸腔积液存在时会刺激膈肌及其周边的神经，可能会引起早上起来腹部两边隐隐作痛的表现，还会有胸闷、呼吸困难等表现。这种情况可以口服利尿剂进行治疗，比如呋噻米片、螺内酯片、氢氯噻嗪片等等。当胸腔积液量过大时，可以行胸腔闭式引流，改善患者的症状。

2、慢性肾炎：慢性肾炎会导致胃肠道水肿及可能会产生大量的腹水，会导致早起时腹部两侧隐隐作痛。还会伴随有水肿、蛋白尿、血尿、排尿不正常、腰痛、乏力、血压升高、贫血等表现。治疗上要注意低盐饮食，避免辛辣刺激的食物，吃一些优质低蛋白的食物，要注意规律作息，同时在医生指导下服用环磷酰胺片、盐酸贝那普利片、环孢素软胶囊等进行治疗。

3、结肠炎：结肠炎患者由于炎症存在会对腹壁神经产生刺激，在早起时出现腹部两侧隐隐作痛的表现，结肠炎患者多会伴有排便习惯以及大便性质的改变。建议注意饮食健康、清淡，避免刺激、高油脂食物，规律作息。在医生指导下服用柳氮磺吡啶肠溶片、美沙拉秦肠溶片、奥沙拉秦钠胶囊等。