头顶会莫名的痛可能与过度疲劳、脑血管疾病、感染性疾病等有关，具体如下：

1、过度疲劳：患者长期处于情绪紧张、压力过大、脑力劳动过度、休息不好等环境中可能会诱发头顶痛，发病主要与大脑缺血、缺氧等引起的脑血管痉挛有关。除头顶痛外，患者还可能伴有失眠、焦虑、抑郁等症状，休息后症状可缓解，必要时可以按摩疼痛部位以促进局部血液循环。

2、脑血管疾病：如高血压、蛛网膜下腔出血等。高血压患者出现头顶痛主要与高血压的机械作用，使血管异常扩张，动脉壁的痛觉感受器受刺激有关，表现为头顶痛、颈项板紧、头晕、疲劳等症状，临床上主要通过口服降压药缓解症状，如替米沙坦、硝苯地平、依那普利等。蛛网膜下腔出血患者，当血流入脑蛛网膜下腔时，不仅可以刺激脑膜，引起头痛和颈强直等脑膜刺激征，并且还会使颅内压力增高，继发脑血管痉挛，使头痛加重。治疗上以降低颅内压、防治再出血为主，常用药物有甘露醇、呋塞米、氨基己酸等。

3、感染性疾病：如流行性感冒、脑膜炎等。流行性感冒患者的流感病毒进入呼吸道，在细胞内复制并不断感染其他细胞，引起头痛、发热、肌痛等症状，治疗上可以口服解热镇痛类、抗病毒类药物，如对乙酰氨基酚、布洛芬、奥司他韦等。脑膜炎患者的软脑膜出现弥漫性炎症性改变，可能在数小时内造成永久性的脑损伤，以头痛、发热、呕吐、烦躁为主要表现，严重患者的头痛症状呈持续性加重。治疗主要是根据脑脊液涂片和培养找到致病菌，根据药物敏感试验选择药物，如氨苄西林、氯霉素等。