3岁宝宝眼睛有眼屎可能是结膜炎、先天性泪道阻塞、沙眼等疾病引起，需要根据不同的原因进行不同的处理，具体如下：

1、结膜炎：是发生于结膜组织的炎症性病变，由于炎症的刺激，引起分泌物增多，可为脓性、黏脓性或浆液性，分泌物中的水分蒸发之后就表现为眼屎。

2、先天性泪道阻塞：是一种先天性疾病，病因主要为先天发育异常。可表现为结膜充血水肿，有黏液样分泌物，所以宝宝眼睛会有眼屎。

3、沙眼：是一种慢性传染性疾病，病因主要为沙眼衣原体感染。杯状细胞和副泪腺的分泌功能被破坏，泪液的排泄管被结膜瘢痕阻塞，有很多粘液或粘液性分泌物，所以宝宝眼睛有眼屎。