肛门两侧长小疙瘩并伴随瘙痒症状，可能是出现肛周毛囊炎、尖锐湿疣和肛周湿疹，具体的治疗需根据病因而定，具体如下：

1、肛周毛囊炎：经常搔抓肛周皮肤，自身免疫力降低和葡萄球菌感染就可引起肛周毛囊发炎肿胀，出现肛周毛囊炎，此类病人常常伴随瘙痒症状。这种情况建议先用1:5000高锰酸钾溶液清洗肛门，控制炎症，并注意保持肛周皮肤干燥；同时涂抹抗生素软膏，比如红霉素软膏、鱼石脂软膏和莫匹罗星软膏等。

2、尖锐湿疣：感染人乳头瘤病毒后在会阴部出现的小疙瘩就是尖锐湿疣。初期可表现为肛周红色小丘疹，病情进一步进展后，丘疹可增多，表面也凹凸不平甚至出现菜花样的变化。大多数患者没有自觉症状，但有些患者可能会有瘙痒或疼痛表现。主要采用综合治疗，如药物治疗和手术治疗，药物治疗可以局部涂抹软膏比如咪喹莫特乳膏、酞丁安乳膏和口服盐酸伐昔洛韦片；手术治疗可以采用CO2激光、电刀切除湿疣法和液体氮冷冻疗法。

3、肛周湿疹：肛周湿疹是一种肛周的过敏性皮肤病，病人可出现肛周皮疹，肛周瘙痒等症状，易复发。针对肛周湿疹引起的小疙瘩和瘙痒症状，建议首先做好会阴部护理，定期清洁，并注意保持干燥；及时更换内衣内裤，避免接触刺激性物体；必要时可用抗组胺药物控制症状，比如盐酸苯海拉敏片、复方水杨酸甲酯苯海拉明喷雾剂和马来酸氯苯那敏片等；瘙痒严重时，也可外涂曲安奈德益康唑乳膏等。