肛门两侧红肿疼痛，考虑可能是机械性磨损、痔疮、肛周湿疹等疾病所致，具体用药，取决于引起的具体病因。具体分析如下：

1、机械性磨损：当因为工作及生活习惯的原因，或者贴身衣物的材质问题，及存在久坐骑行等情况的人群可能会出现肛周的机械性磨损，局部可出现破损破溃，引起肛门两侧皮肤发红疼痛，一般避免上述活动，更换质地较软的贴身衣物，涂抹保护霜或润滑液即可缓解症状，不需要其他特殊药物进行治疗。

2、痔疮：痔疮是直肠末端黏膜下及肛管皮肤下静脉丛扩张屈曲所形成的静脉团。出现外痔时，痔核破溃刺激可引起肛周的瘙痒、红肿及疼痛感。如若出现环状混合痔时，也可有肛周明显的红肿疼痛症状。药物治疗：可在医生指导下口服部分中成药如痔速宁片、痔炎消片、痔康片等，如疼痛症状剧烈时还可口服布洛芬胶囊、双氯芬酸钠缓释片等，外用痔疮膏、痔疮栓，行高锰酸钾温水坐浴等缓解疼痛症状。

3、肛周湿疹：各种原因（如贴身衣物因素、环境因素、肛周疾病等因素）诱发的肛周湿疹，反复发作时可使肛周皮肤组织脆性增加，当局部未出现渗液、溢液，肛周皮肤干燥时可在外界刺激下出现破裂、疼痛、肿胀、出血等症状，呈现为肛门两侧皮肤发红疼痛。在医生指导下局部使用硼酸洗液或炉甘石洗剂湿敷止痒或口服抗过敏药物如氯雷他定片、盐酸奥洛他定片。另外，可外用红霉素软膏或者行静脉滴注敏感性抗生素（如注射用头孢他啶、注射用头孢哌酮钠、左氧氟沙星氯化钠注射液等）预治感染。如病情需要，还可遵医嘱使用醋酸泼尼松龙注射液、注射用甲泼尼龙琥珀酸钠、复方倍他米松注射液等药物进行辅助治疗。