一夜之间肛门长个疙瘩，并且伴有疼痛，考虑可能是血栓性外痔、肛周脓肿脓包形成、尖锐湿疣等引起，需要根据不同的病因进行治疗。具体如下：

1、血栓性外痔：由于血栓或静脉破裂在肛周皮下形成的肿块。排便或剧烈活动后，能感到肛门有一个突出的疙瘩，剧烈疼痛，活动受限，甚至烦躁不安，肛缘下有一块细嫩的皮肤，大便、坐着、走路甚至咳嗽都会加重疼痛。检查显示肛门周围或肛管下有葡萄状深紫色肿瘤，有时表面有轻度糜烂和出血。治疗主要是手术治疗，可在手术室局麻下进行手术，术中选择肛周放射状切口或肛门旁切口，避免瘢痕组织增生，影响排便功能。术中还应注意肛门外括约肌的损伤，术后还要积极进行静脉抗感染治疗，每次排便后要及时清洗换药，在治疗过程中，应注重流质饮食。

2、肛周脓肿：常因肛腺堵塞感染形成脓肿，似小疙瘩。主要症状是疼痛，疼痛会非常严重，并逐渐加重。治疗应根据疾病发展阶段进行，早期炎症可静脉注射抗生素或口服消炎药，例如头孢克肟，可以用来控制症状；外用1：5000高锰酸钾溶液坐浴、外涂活血止痛散等；如果通过药物治疗脓肿不能被吸收，应行脓肿切开引流术。

3、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致的以肛门生殖器部位增生性损害，是一种性传播性疾病。损伤初期为小的淡红色丘疹，逐渐增多，呈单簇或簇状分布，潮湿柔软，表面不均匀，呈乳头状、鸡冠状或蔬菜状突起。一般可用咪喹莫特乳膏等外用；物理治疗如冷冻、电凝等。平时一定要注意个人卫生，治疗过程中尽量不要在同一房间，避免交叉感染。