经皮肾镜取石取不干净主要是肾下极结石、多发性肾结石、鹿角性结石等原因导致的，应该根据不同的疾病采取不同的治疗措施，具体分析如下：

1、肾下极结石：因为肾结石最好发于肾盏附近，逐渐向肾盂延伸，如果肾结石较小，很容易受到重力的因素，掉落到肾下极的肾盏中。在通过经皮肾镜取石术的时候，由于肾下极外的脂肪较厚，解剖结构复杂，手术操作难度很大，导致肾下极的结石很难取净。由于肾下极结石位置低，引起的腰痛、肾积水、血尿等症状较轻，甚至无症状。在治疗上，通常无需特殊治疗，可以口服枸橼酸氢钾钠颗粒、复方碳酸氢钠片、别嘌醇片治疗等药物促进结石排出，定期复查结石的变化，调整不良的饮食习惯，多喝水等。

2、多发性肾结石：主要是指结石的数量多体积小类似于泥沙样，在经皮肾镜取石很难一次性将结石取净。可以通过经皮肾镜联合输尿管软镜碎石取石治疗，术后注意饮食，如多吃富含植物有机活性碱的食品、多吃蔬菜、多喝水、少吃肉类等。

3、鹿角性结石：主要是结石位于肾盂、其分支进入肾盏，由于其成分是草酸钙，结石坚硬，比较复杂，导致经皮肾镜取石后还没有取净，可以配合体外冲击波碎石治疗。如果鹿角性结石引起了尿路梗阻症状，导致肾积水危及生命时还需监测生命体征，充分补液及抗休克治疗，必要时可行超声引导下经皮肾穿刺造瘘，引流尿液，改善肾功能。