预防苯丙酮尿症首先要避免父母近亲结婚，要进行新生儿筛查，以早期发现早期治疗，防止智力低下的发生，对于高危家族可以做产前诊断，以决定是否选择人工流产。

在治疗方面要选择苯丙氨酸饮食调节，对于轻型或者一过性的高苯丙氨酸血症，可以根据病情的情况选择治疗方式，控制苯丙氨酸的摄入量，保证孩子生长发育和体内代谢的最低需要，又不使血中的苯丙氨酸过高。饮食治疗方面，至少应该坚持到孩子进入到青春期，在治疗过程中应该定期检查血苯丙氨酸的水平，注意孩子生长发育的情况。苯丙氨酸饮食可能出现的不良反应也要注意，比如低血糖、低蛋白血症、大细胞性贫血，以致生长发育落后，对于缺乏型BAG4苯丙酮尿症需要补充BAG4，对于成年女性在怀孕前应该重新进行饮食控制，血苯丙氨酸应该建议在0.3mmol/L以下，直到分娩，以免苯丙氨酸高影响胎儿。