跑步时肚子左右侧疼痛即腹部左右两侧疼痛，可能是生理性原因导致的，如呼吸频率不均匀等，也可能是病理性原因如腹部肌肉损伤、肋骨骨折未痊愈等导致的，具体如下：

1、呼吸频率不均匀：在开始跑步时，如果没有及时调整个人呼吸频率或者一开始就跑得太快，呼吸频率与跑步速率之间没有协调好，在快速呼吸时气体除了会进入呼吸道外，还可能从食管进入到达胃肠道，从而刺激胃肠道，增加肠道蠕动，气体的量比较大时还可导致胃肠道功能紊乱，因此就可能会出现肚子左右侧疼痛的现象。

2、腹部肌肉损伤：如果腹部受到外界碰撞或者是健身姿势不当等导致腹部肌肉受到损伤，就可能会出现局部疼痛、压痛、反跳痛等症状。如果此时去跑步，就有可能因为牵扯到损伤的腹部肌肉引起腹部左右两侧疼痛。

3、肋骨骨折未痊愈：因直接暴力如冲撞、击打等或者因病理因素如骨质疏松、骨质软化等引起肋骨骨折。临床一般出现的是胸部疼痛，多是在深呼吸、咳嗽、转动体位时加重。部分患者如果骨折位置靠下且两侧同时发生骨折，病情比较严重时可能会引起腹部左右两侧牵涉性疼痛，如果在肋骨骨折未完全痊愈时进行跑步可能会加重腹部左右两侧疼痛的感觉。