右侧附件囊肿的原因主要有两方面。

一、生理性囊肿，这是由于排卵之后，黄体形成，黄体没有尽早的萎缩所形成的囊肿，这属于生理现象。大多数在月经干净之后，往往会明显缩小甚至消失。

二、病理性囊肿，有可能是卵巢的巧克力囊肿，在临床上属于子宫内膜异位症引起的，目前子宫内膜异位症的病因还不清楚。也有可能是右附件区的输卵管积水，输卵管积水是由于输卵管的慢性炎症性疾病所引起的。所以，如果在临床上发现右侧附件囊肿持续存在，这属于病理现象，应该及时到正规医院进行相关的检查和治疗。