畸形精子症是有可能会导致胎停育的。因为畸形精子症的患者，可能会存在一些先天性的基因突变和染色体的异常，这样就使得部分精子可能携带有这种先天性的缺陷。即使侥幸的因素女方怀孕以后，这种受精卵的质量也是不好的，可能由于底子上面的基因突变、染色体异常，导致了后天受精卵发育过程中就会出现先天性的疾病、畸形、胎儿发育的延迟。严重的情况下甚至出现停育和流产，这是一个自然选择的过程。

因为它底子不好，所以对于畸形精子症的患者，建议在怀孕之前做一个精液常规的评估。如果确实存在异常，需要进一步检查阴囊彩超、微量元素检测、性染色体的检测、性激素分泌的检测等等来评估可能的原因，需要予以纠正以后，才能使精子的畸形率和其他指标恢复正常。