怀孕40天出血，不是是孕囊着床。可能是孕酮值偏低或等其他原因引起的先兆流产症状，还可能是异位妊娠导致的阴道出血，具体如下：

1、先兆流产：如果平时月经正常，怀孕40天的时候，孕囊早已经在宫腔内着床，所以在出现出血的时候，跟着床没有关系，绝大部分跟体内的孕激素不足或其他原因造成的先兆流产有关系。首先需要去医院做B超检查，并且化验血中孕酮值来了解胚胎发育的情况。如果排除孕激素不足，还需要找出其他引起出血的原因并积极治疗。

2、异位妊娠：如果孕囊在子宫腔外着床发育，称为异位妊娠，这种情况也会导致阴道出血。异位妊娠按部位不同有输卵管妊娠、卵巢妊娠、腹腔妊娠等之分，最常见的部位在输卵管。典型症状就是停经、腹痛和阴道流血，常导致流产、输卵管破裂，伴有腹痛、阴道出血，甚至休克。如确诊为异位妊娠，应及时手术切除患侧输卵管和胚胎。

怀孕期间一定要定期做好孕期的各项检查，合理的安排饮食。在孕期要定时体检，怀孕12周左右前往医院建立孕期档案，对孕妇及胎儿的健康状况检测有极大的意义。