不消化可以是因为慢性胃病引起的胃肠功能紊乱，胃肠蠕动减慢，致使食物排空减慢，引起食物在胃肠道中储留时间过长，患者就会有不消化、腹胀、早饱的感觉。常见的慢性胃病有慢性胃炎、胃食管反流、消化性溃疡，严重的可以为胃癌或胃淋巴瘤。

胰腺或者肝胆的疾病也可以引起不消化的症状，如慢性胰腺炎、胆囊炎、肝胆管结石。这些病可以引起胆汁和胰液的分泌减少，引起食物的分解消化吸收减少，患者会出现脂肪泻、厌油腻的症状，病人可以做B超、CT或者是胃肠镜检查明确诊断。