淋病和非淋菌性尿道炎在病因和临床表现上都是有显著区别的。

淋病是由淋病双球菌感染所引起的一种经典的性传播疾病；而非淋性的尿道炎，是由衣原体、支原体等微生物感染所引起的，也属于性传播疾病。淋病潜伏期比较短，一般潜伏期在一周之内就会发病；而非淋菌性尿道炎，潜伏期往往比较长，一般是一到三周，平均两周左右。

从症状上来讲，淋病往往症状也比较典型，特别是急性淋病，还有明显的尿道刺激症状，如尿急、尿频、尿痛、尿道口红肿，而且有比较明显的黄绿色脓性的分泌物；而非淋菌性尿道炎的症状相对比较轻，可能有轻度的尿道刺激症状，通常没有很明显的脓液，有些比较稀薄的黏液状分泌物。通过相关的检查，如果做淋病的分泌物检查，可以查到有可能是阴性的淋病；非淋菌性尿道炎查淋球菌是阴性的，但是做衣原体、支原体检查结果是阳性的。