耳朵边缘凹凸不平的原因包括先天性因素、外耳湿疹以及耳带状疱疹等。

1、先天性因素：部分患者因先天性因素影响，如遗传、母亲怀孕期间受到病毒感染、服用某些药物或是接触放射线等而导致胎儿耳部发育畸形。畸形的形态各异，故部分患者可有耳朵边缘凹凸不平的情况。

2、外耳湿疹：该病的发病原因尚未明确，可能与精神因素、变态反应、内分泌功能失调以及某些接触物等相关。患者常可出现瘙痒、灼热感、流黄色水样分泌物以及皮疹等。皮疹通常表现为很小的红色斑点状红疹，若皮疹出现在耳朵边缘，则可见耳朵边缘凹凸不平。另外，耳廓部位瘙痒反复发作，搔抓后可使皮肤逐渐增厚，甚至脱屑。

3、耳带状疱疹：患者因感染带状疱疹病毒或水痘-带状疱疹病毒而引起一侧耳部剧痛，耳部疱疹，甚至出现同侧周围性面瘫，伴有听力和平衡障碍等。疱疹若是分布于耳朵边缘，则可表现耳朵边缘凹凸不平的。

一旦发现耳朵边缘凹凸不平，建议尽早就诊医院，由专业的医生予以诊疗，以免耽误病情。