所谓体内真菌感染，主要就是与体表的真菌感染，即皮肤表面的癣病相对而言的。

真菌是一种很广泛存在的微生物，种类很多，有的引起皮肤表面的浅表真菌感染，如手癣、脚癣、体癣、股癣等。

还有一些真菌容易引起内部脏器的感染，最常见的比如白色念珠菌可引起口腔鹅口疮，还可以引起肺部霉菌性的念珠菌性的肺炎以及念珠菌性的泌尿生殖系统的感染，包括女性的霉菌性阴道炎，都可以算作是体内的真菌感染。但是有些人如果免疫力比较低，还可以见一些少见的体内真菌感染，比如毛霉菌感染或者是隐球菌脑炎等，都是一种比较急、比较危重的真菌感染。