下呼吸道感染最常见的病原体为细菌，如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、革兰氏阴性杆菌，其次为非典型致病菌，如支原体、衣原体，还有病毒性肺炎、真菌性肺炎。

其他少见下呼吸道感染还可有军团菌感染，军团菌常见于夏天使用空调的房间，所引起的肺炎症状相对较重，会出现意识障碍和电解质紊乱。急性呼吸道感染的处理，既要考虑到抗生素的抗菌的活性，也要考虑到病原体本身的变异。常见病原体根据患者基础疾病和发病年龄，具体差别不同，因此在临床中需要对就诊患者进行鉴别。