肺炎衣原体感染时，大部分患者是可以自愈的。肺炎衣原体感染一般起病比较缓慢，逐渐出现声嘶、咽痛、发热、干咳、头痛、胸痛、倦怠和肢体乏力，大多数的肺炎衣原体感染是具有自限性的，多数病例不经过治疗，数周后可自愈。

也可选择给予药物，如红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等药物进行治疗，以改善症状，缩短病程。另外，需要注意卧床休息，多饮水，注意保暖，摄入足够的蛋白质、维生素等营养物质，同时保持呼吸道的通畅，有痰液时给予化痰治疗，如氨溴索，乙酰半胱氨酸、标准桃金娘油等。另外，中医中药治疗也有很好的疗效。