肠镜检查的禁忌症主要分为绝对禁忌症以及相对禁忌症两大类。

绝对禁忌症相对较少，主要有肠穿孔或者可疑的肠穿孔、急性腹膜炎以及心肺功能严重衰竭，无法耐受检查。相对禁忌症比较多，但是一般由医生进行判断，如果患者有肠梗阻、可疑腹痛或者是肠管粘连较严重，肠镜无法进行，或是患者对疼痛的耐受能力比较差，或者是患者患有艾滋病以及梅毒等特殊的传染病。另外，如果患者存在以下情况，也不能进行肠镜检查，例如患者处于怀孕的状态或者是患者的身体条件比较差，如高龄、患有某些心脑血管疾病，可能在检查过程中会发生危险，或者是患者患有精神类疾病，以及依从性、耐受性比较差而不能配合检查等情况。