手足口病和疱疹性咽峡炎在临床表现方面有区别。手足口病的口腔损害广泛分布于唇、颊、舌、腭等处，但是手掌、足底也会出现散在的水疱、丘疹以及斑疹，数量不等。疱疹性的咽峡炎，口腔的病损一般都在口腔的后部，比如咽腭弓、软腭、悬雍垂等处，还常常伴有颏下以及颌下的淋巴结肿大，但是手、足等处是没有疱疹的。

手足口病和疱疹性咽峡炎如果同期，感染源是可以相同的，一般为柯萨奇病毒A组和肠道病毒71型引起。治疗方面二者都是以增强免疫力为主。两种疾病都属于自限性的疾病，因此，都要多饮水，增强免疫力，大部分在一周之后会好转。