没有痔疮但是肛门疼，可能是肛周脓肿、肛裂、肛瘘等引起的，具体如下：

1、肛周脓肿：大多是因为肛隐窝感染沿淋巴引流方向以及肛腺扩散到肛管直肠周围间隙所导致。可表现为肛门周围持续性疼痛和肿胀，坐立或排便时加重，也可出现发热、寒颤、乏力等全身症状。若脓肿较小，可外用甲硝唑凝胶、复方利多卡因乳膏等外用治疗；也可以口服头孢呋辛酯等抗炎治疗；若脓肿较大，可及时采取手术治疗，如脓肿切开引流术等。

2、肛裂：长时间便秘或腹泻、肛门处外伤等因素导致肛管损伤所引起，可表现为肛门处疼痛、便血、肛门瘙痒等症状。早期可采取1：5000高锰酸钾溶液坐浴；疼痛严重者，可外涂复方利多卡因乳膏；严重影响生活者，可采取肛裂切除联合皮瓣移植、肛门内括约肌切断术等治疗。

3、肛瘘：大部分肛瘘是由直肠肛管周围脓肿所引起，脓肿破溃或切开引流后可在肛周皮肤形成瘘口。可表现为肛门周围疼痛、流液等症状。一旦诊断为肛瘘，建议立即行手术治疗，如肛瘘切除术等，术后需注意保持肛门处清洁干燥，可采取高锰酸钾溶液坐浴，保持清淡饮食。