肛门部位出现间歇性疼痛，可能是发生了外痔、肛裂、肛窦炎等疾病。具体如下：

1、外痔：主要是饮食不当、久坐、喝酒、熬夜及感染等因素导致。当患者发生外痔，大便时干结的粪便会刺激痔核发生炎性水肿或血栓，导致肛门收缩时出现疼痛。所以，患者会出现肛门间歇性疼痛。

2、肛裂：主要是便秘、外伤、炎症刺激等因素导致。当患者发生肛裂没有及时治疗，会形成慢性肛裂。而且裂口处由于粪便等污物反复刺激会形成溃疡，当溃疡深达内括约肌时，内括约肌会痉挛而发生疼痛，出现肛门间歇性疼痛的症状。

3、肛窦炎：该病的病因主要是与粪便长期刺激、自身免疫力低及不合理饮食等因素有关。当病原体侵入肛窦组织会发生感染，引起炎症反应。患者的肛窦黏膜及周围组织黏膜由于炎症刺激发生充血、水肿。当患者排便时，粪便会刺激炎症部位而导致肛门部位间歇性疼痛。