早晨起来全身疼痛的原因有病毒感染、骨质疏松或者老年人、风湿免疫系统疾病、头一天运动量过大等。

一、病毒感染以后产生的毒素可以影响身体的代谢，从而表现为肌肉酸痛，也可以合并有发热等现象，要针对具体的情况来判断；二、骨质疏松或者老年人，因为钙质减少而出现全身疼痛的现象；三、风湿免疫系统疾病，包括肌炎、皮肌炎等；四、头一天运动量过大，使肌肉的代谢以后产生的酸性物质过多，从而表现为全身疼痛的现象，要多喝水，适当休息，有利于症状的缓解。

所以，具体全身疼痛的原因，是要结合患者的年龄、既往病史、伴随症状，完善体格检查并且进一步做相关的辅助检查才能明确。