急性肠炎需要针对病因进行治疗，根据不同病因选择不同治疗方式。

如果患者的急性肠炎是由于细菌感染所引起的，可使用喹诺酮类、黄连素以及大环内酯类药物进行治疗，也可根据药敏试验结果，选择合适的抗生素进行抗感染治疗。如果是寄生虫感染所导致的急性肠炎，如果是滴虫感染，则选择甲硝唑类的药物进行治疗。真菌感染所引起的急性肠炎，可以选择解制霉菌素类的药物进行治疗。如果是病毒感染所导致的急性肠炎，一般来说没有特效的抗病毒药物，主要给予对症治疗即可。

若急性肠炎伴有腹泻的症状，可以服用蒙脱石散止泻。急性肠炎会引起脱水以及水电也质平衡紊乱，所以当出现症状以后，一定要多喝水，此外还要多补充电解质。