治疗口腔溃疡有效的药物，分为局部的药物，如利多卡因凝胶或喷剂、复方氯己定含漱液、康复新液等；全身使用的药物，如免疫抑制剂。

局部使用的药物有止痛药物，当患者疼痛难忍时，可以使用利多卡因凝胶或喷剂进行局部的治疗；抗生素方面可以选择药物进行局部治疗，可以使用复方氯己定含漱液促进伤口的愈合；还可以使用重组牛碱成纤维细胞生长凝胶，促进溃疡面生长修复；局部用药还可以使用康复新液漱口，利用其利血脉、养阴生肌。

全身用药通常针对症状比较严重的患者，或反复发作的患者，可选择免疫抑制剂治疗，通常考虑是由一些免疫系统疾病所导致的溃疡。在平时要保证良好的口腔卫生，是预防和改善口腔溃疡的重要措施，注意饭后漱口、定时刷牙，如果溃疡反复难愈合，要排除恶性可能。