导致鼻咽癌的病因主要与EB病毒感染、地区、饮食、遗传等因素有关。

在鼻咽部的黏膜组织中可发现与EB病毒相关的代谢产物及物质，可以诱发黏膜组织形成癌组织；还与地区有一定的关系，在中国的广东、广西等地区是鼻咽癌的高发区；另外，鼻咽癌与遗传有一定的关系，在鼻咽癌高发的家族的后裔如果迁徙到其他地区或是其他国家，那么其鼻咽癌的发生率仍较普通人偏高；此外，与饮食有一定的关系，如辛辣刺激或者是油炸等亚硝酸盐含量较高的食物容易诱发鼻咽癌。