食管裂孔疝的治疗主要是选择对症治疗。

可以选择PPI类药物，如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等。和H2受体阻滞剂，如法莫替丁、雷尼替丁、西咪替丁、尼扎替丁等。和促胃肠动力药，如莫沙必利、伊托必利等。还可以选择胃粘膜保护药，如铝镁加混悬液、硫糖铝等治疗。其中以PPI类药物效果最好。因为食管裂孔疝容易引起胃酸反流，PPI类药物抑酸作用强，特别适用于重症、有严重食管炎的患者。

食管裂孔疝有慢性复发倾向。为减少症状复发，防止食管炎反复复发引起的并发症，有必要考虑给予维持治疗。停药后很快复发，而症状持续者往往需要长期维持治疗。如果药物效果不好，患者不能忍受长期用药，可选择使用抗反流手术治疗。