对于功能性胃肠病，需要根据患者的症状进行对症治疗。常用的药物有以下几种:

首先对于反酸腹痛的患者，可给予抑制胃酸分泌的药物，包括奥美拉唑、兰索拉唑；或者是H2受体拮抗剂，例如雷尼替丁、法莫替丁等；还可以使用胃黏膜保护剂，例如铝镁加混悬液以及硫糖铝等。

对于腹胀早饱的患者，可给予促进胃肠动力的药物，包括多潘立酮、莫沙必利或者是伊托必利（但与其他药物至少需间隔一小时以上服用），主要是针对饭后饱胀，或者是早饱感的患者；此外还有助消化的药物，包括复方消化酶以及复合维生素B等。

必要时可使用抗抑郁药物，如果患者本身有焦虑、抑郁都可以选用此类药物，或者是常规药物对于症状疗效不明显时，一般需要选择抗抑郁药物进行治疗。