女性早晨醒来小肚子疼可能是生理因素，也有可能是结肠炎、盆腔炎等原因引起的，需根据具体病因进行针对性治疗。具体分析如下：

　　一、生理因素

　　通常和夜间受凉或者月经来潮等有关，这属于生理现象，可以适当的按摩或者热敷，一般会逐渐缓解。

　　二、疾病因素

　　1、结肠炎

　　通常和细菌、病毒感染等因素有关，会导致肠黏膜受损，引起晨起疼痛，并伴有腹泻、乏力等症状。通常建议在医生的指导下服用甲硝唑片、美沙拉嗪肠溶片等药物来改善症状。

　　2、盆腔炎

　　是发生在盆腔部位的炎症，由于炎症刺激，会导致盆腔充血，从而出现上述症状，并伴有白带增多、腰痛等症状。此时应该遵医嘱服用妇科千金片、左氧氟沙星片等药物来进行治疗。

　　除上述常见原因外，还有可能是其他因素所致，比如卵巢囊肿、结石、肠道肿瘤等，此时应该及时就医治疗，以免耽误病情。