新生儿病理性黄疸的病因有很多，常见的由于各种病因引起的胆红素生成过多，比如红细胞增多症、血管外溶血、同族免疫性溶血。感染包括细菌、病毒、衣原体、支原体等不同程度的感染、肠肝循环增加、红细胞酶缺陷、红细胞形态异常、血红蛋白病，还有低锌血症和维生素E缺乏，也可以导致溶血。

　　其次就是肝脏胆红素代谢障碍，包括缺氧感染、药物。

　　还有其他的先天性甲状腺功能低下、垂体功能低下等一系列的原病因。

　　还有胆汁排泄障碍，常见于新生儿肝炎、先天性代谢性缺陷病、胆管的阻塞。