武汉肺炎病毒最初来源与中间宿主都是野生动物,是人吃了这些野生动物而得病传染人的。从不武汉市不明原因肺炎患者下呼吸道分离出的冠状病毒来看,它是一种属于β属的新型冠状病毒与蝙蝠SARS样冠状病毒的同源性达85%以上。
目前所见传染源主要是新型冠状病毒感染的肺炎,患者经过呼吸道飞沫传播是主要的传播途径,亦可通过接触传播。虽然病毒来源和人群中间的传播能力等许多细节人仍未知,但越来越多的病例似乎是由人际传播引起的。