慢性鼻窦炎的并发症同急性鼻窦炎一样，包括眶并发症、颅并发症和其它的并发症。眶并发症主要包括眶周炎性水肿、眶内骨膜下脓肿、眶内蜂窝织炎、眶内脓肿以及球后视神经炎。颅并发症包括硬膜外脓肿、硬膜下脓肿、化脓性脑膜炎、脑脓肿以及海绵窦血栓静脉炎。其它的并发症包括中耳炎、咽喉炎、气管炎、肺炎等。

　　海绵窦血栓静脉炎往往是鼻窦炎并发症最严重的一个类型，预后也是最差的。一旦发生，死亡率非常高。