卵巢巧克力囊肿治疗的总体目标是缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发。要根据患者的年龄、症状、病变的范围、生育要求等实施个体化的治疗。

　　比如对于一些症状比较轻或者没有症状的患者，可以选择期待治疗，对于有生育要求的症状比较轻的患者，囊肿比较小，可以先行药物治疗，对于有生育要求，但是病情又比较严重，而且囊肿比较大的，那么可以行手术治疗，加药物治疗。总之，要根据不同的个体，采取不一样的治疗方法。