卵巢巧克力囊肿的病因最主要的是经血逆流，月经期间，子宫内膜组织随经血逆流入输卵管，从输卵管腹腔开口进入盆腔内，种植在卵巢上，并在卵巢上继续生长和蔓延。

　　还有一些是淋巴及静脉的播散，或者免疫与炎症的因素，还有一些是遗传因素，或者其他的一些因素。卵巢巧克力囊肿是一种良性病变，但是具有种植、侵袭、远处转移的特点，而且存在一定的恶变率。