川崎病绝大多数是没有后遗症，多数预后良好。本身就是自限性疾病，极少数大概有1%~2%的孩子会出现复发。

　　川崎病大概有15%~25%会发生冠状动脉瘤。冠状动脉瘤在经过有效治疗以后，大多数于病后两年内自行消失。

　　但是有极少数会遗留管壁增厚，还有血管弹性减弱等功能异常。有些大的动脉瘤常常不易完全消失，常会导致血栓形成或者是管腔狭窄，有极少见的后遗症所存在。