对于巨结肠，不论是新生儿、婴儿还是成人，最终的诊断都依赖于病理。病理诊断主要是取肠壁的全层壁做活检，看是否有神经节细胞，才能作为确切的诊断。

　　但是活检毕竟是有创检查，所以只有在手术中才适合进行。而在术前可以借助直肠黏膜的吸附活检，即取下一块直肠黏膜做乙酰胆碱酯酶染色。

　　其次，也可以做直肠的测压，比较简单的是做钡剂灌肠来检查。如果是典型的巨结肠，通过钡剂灌肠检查看到痉挛段、移行段和扩张段；通过直肠测压可以发现肠抑制反射出现异常。根据以上综合的判断能够诊断巨结肠。