偏头痛的病因不是很清楚，与内因和外因两个因素有关。内因是指遗传易感性，外因是指环境因素，可由某些食物或药物所诱发。

　　另外内因外因机制也不是十分很清楚。有人认为偏头痛是原发性血管性疾病，颅内血管收缩和舒张就导致偏头痛的发作。还有人认为偏头痛是原发性神经功能紊乱性疾病。

　　偏头痛先兆是由扩展性皮层抑制引起。扩展性皮层抑制是指各种有害刺激，引起的起源于大脑后部皮质的神经电活动抑制带。此抑制带以2~5毫米/每分钟的速度，向邻近皮质扩展，并伴随出现扩展性血量减少，而引起偏头痛。