生长激素缺乏性侏儒症的病因比较复杂，任何先天性或者后天性因素导致的垂体生长激素分泌和作用障碍，都可以影响到生长发育。按照病因可以分为原发性、继发性和暂时性三类，其中以原发性生长激素缺乏性的矮小最为常见。

　　原发性的病因中有遗传性的因素，这种是可能会遗传的，像生长激素-1基因缺陷或者是生长激素不敏感综合征，这种有遗传的可能性。除此以外，还有特发性的病因，像下丘脑垂体功能障碍、下丘脑垂体发育不良等等，这种遗传的可能性要相对偏小。