肺部隐球菌感染的致病菌是新型隐球菌，主要由呼吸道吸入，引起肺部感染或产生血行播散。中枢神经系统，最易受到侵犯。其他如骨髓、皮肤、粘膜和其他器官，也可发生改变，属于亚急性或慢性深部的真菌感染。

　　免疫功能低下为隐球菌发病重要诱因。隐球菌通常经呼吸道进入人体，肺是感染的首发部位。正常人吸入隐球菌后引起肺内感染，病变多仅局限在肺部，很少出现症状。

　　若因过度劳累或有免疫缺陷慢性病患者吸入真菌后，在肺内形成病灶，可经血行播散至全身，且多侵入中枢神经系统。