肾结石形成的原因，最常见的是代谢异常。包括形成尿结石物质排出增加，包括尿液中钙、草酸、尿酸排出量增加。

　　尿液ph值改变。比如碱性尿中，磷酸盐沉淀增多、酸性尿中，尿酸结晶增多。尿中抑制晶体形成和聚集物质减少，最常见的是枸橼酸减少。

　　尿量减少，使盐类和有机物质的浓度增高。尿路有梗阻、有感染，尿路有异物，也会导致结石形成增加。长期口服维生素D，也可能导致结石形成增加。