胃肠功能紊乱的治疗主要是通过精神调适和改变行为等方式，改变胃肠功能紊乱。药物的治疗方面主要是以对症、营养、支持、镇静安眠、解痉止痛等进行治疗。通常使用的药物如果改变睡眠方面，可以使用镇静剂安定等。

　　如果出现有腹痛，可以用解痉止痛的药物，如颠茄制剂等；如果有神经性的呕吐，可以使用维生素B6；呕吐剧烈的话，可以使用吗丁啉等；如果肠神经官能症便秘的，可以给予润滑剂石蜡油；也可以对于腹泻的病人使用复方苯乙哌啶等进行治疗；也可以给予有焦虑的话给予抗抑郁的药，解除心理障碍等治疗。