最大的区别主要是检查原理的不同。脑ct主要是通过X线的照射，通过人体组织的吸收后，由探测器回收信息，然后通过一系列的数值转换，最终由电脑重建得出图像。

　　脑ct因为是X线对人体有一定的辐射，而核磁共振是利用人体内的大量水分，将水中的氢离子重新排列，分析出不同组织内氢离子的不同排列形态，形成磁敏感成像，做核磁共振检查对人体没有伤害。