医院获得性肺炎最常见的病原菌是革兰氏阴性杆菌，革兰氏阴性杆菌约占临床诊断的医院内获得性肺炎的60%。

　　铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌较为常见，常见细菌的耐药菌株比例较高，给抗生素的治疗带来困难。

　　在革兰氏阳性菌中，以金黄色葡萄球菌为多见。

　　由于广谱抗生素、激素和免疫抑制剂的应用，真菌感染明显增多。

　　混合性感染占医院内感染的肺炎的半数以上，对选用抗生素提出更高的要求。