肛瘘早期的发病大部分是以肛周脓肿的形式出现，通常的脓肿、破溃、流脓后形成肛瘘，常见的是肛门内肛窦感染所致，腹泻、免疫力低下引起多见。主要症状是反复的破溃流脓、流血破溃口，迁延不愈合。

　　有时愈合后早期会再次肿胀、感染，长时间的分泌物刺激肛周皮肤，可以引起肛周湿疹，导致瘙痒或者皮肤皲裂。个别患者有从瘘道排气的异常感觉，一般需要手术治疗。