肛瘘症状的表现与病情的严重程度有关。反复发作瘘外口流出少量的脓性、血液,黏液性分泌物为主要的症状。
较大的高位肛瘘,常有粪便或气体排出,由于分泌物的刺激,使肛门不潮湿,瘙痒有时会形成湿疹。有脓肿形成时,常同时伴有明显的疼痛,甚至出现发热、寒战、乏力等全身感染性症状。体格检查时可以见到单个或多个外口,挤压时有脓液分泌物排出。