肾结石形成的原因目前不是特别清楚，可能与肾钙化斑有关，也可能与尿呈过饱和结晶有关，也可能有结石基质的因素，也可能是晶体抑制物质减少，或者是抑制促进成核有关。目前认为人体代谢异常，可能会引起肾结石，局部有梗阻、有感染，尿路存在异物，也会导致结石形成率增加。经常进食某些药物，比如维生素C、维生素D、乙酰唑胺、皮质激素也会导致形成结石。