鼓膜修补术的并发症最常见是鼓膜的不成活。鼓膜修补主要是创造生长条件让鼓膜自己生长，所以鼓膜的成活跟鼓膜的生长能力有关，一般鼓膜修补的成功率在90%到95%，因此有5%的患者穿孔是不会愈合的。

　　其次，鼓膜修补之后可能会造成胆脂瘤的继发，可能会造成外耳道狭窄、闭锁，还会造成听力下降、眩晕、耳鸣，以及内部移植物脱位、移位，还有鼓室粘连等情况，极少数的患者还会发生面瘫、神经性耳聋。

　　另外，还有一部分是手术后的全身性并发症，比如心脑血管意外，但发生的几率是极低的。