早孕40天时做药物流产是很安全的，在这个时间段可以通过B超准确判断孕囊的位置和大小。因为早孕40天时，正常发育的孕囊应该在一厘米左右，这个大小的孕囊比较适合药物流产，孕囊既不是很小也不是很大，既能提高药物流产的成功率，也不会增加药物流产的残留。

　　但是在做药物流产之前，还应该针对女性的血液进行筛查，例如血常规、尿常规、凝血、肝肾功，判断是否有影响药物流产的因素，如果没有禁忌症就可以选择药物流产，是很安全的。