肛瘘大部分是由于肛腺的非特异性感染所引起，内口往往在齿线上肛窦处，外口一般是在引流口或是破溃的地方。

　　由于外口生长比较快，因此脓肿的外口通常会出现假性愈合的情况，而内口直肠内污染物还是会不断的进入瘘管中继续感染，局部可能会形成纤维化管壁，即瘘管。

　　如果脓肿反复形成、破溃，则会造成多个瘘口和外口，可将其称之为复杂性肛瘘。