第二、肛瘘和感染因素有关，比如长时间肛裂后引起感染，从而引起肛瘘。

　　第三、和疾病有关，其中比较常见的包括溃疡结肠炎、克隆氏病、结核、肛周肿瘤、肛管癌。

　　第四、和医源性损伤有关，比如肛周操作、肛周手术、肛周注射，可以在不具备无菌条件或是无菌操作不严格的情况下引起肛瘘。